Để tiến hành thanh trùng thực phẩm đóng hộp, ta phải chọn chế độ thanh trùng hợp lý để đảm bảo vi sinh vật trong hộp bị tiêu diệt nhưng ít gây ảnh hưởng đến chất lượng dinh dưỡng và cảm quan của thực phẩm trong hộp. Chọn chế độ thanh trùng là chọn nhiệt độ, thời gian và áp suất đối kháng thanh trùng.
Trong thực phẩm đóng hộp có thể hiện diện nhiều chủng loại vi sinh vật như: vi khuẩn, nấm men, nấm mốc. Trong đó vi khuẩn Clostridium botulinum là đối tượng và mục tiêu cần phải tiêu diệt trong quá trình thanh trùng vì: